Южный окружной медицинский центр создан в соответствии с приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации (от 07.02.2002 года за № 45) путем слияния учреждений здравоохранения на водном транспорте Азово-Волго-Донского и Нижне-Волжского водных бассейнов в г. Ростове-на-Дону.
Центральная бассейновая больница Азово-Волго-Донского водного бассейна была выбрана базой для нового медицинского учреждения не случайно, поскольку история её создания уходит своими корнями в 20-е годы прошлого века и отмечена многими славными вехами.
Здравоохранение на водном транспорте в нашем регионе берет свое начало от водно-санитарной инспекции при управлении шлюзования реки Дон в городе Ростове-на-Дону (существовавшей до 20-х годов ХХ века). В 1922 году на базе водно-санитарной инспекции был организован Азово-Доно-Кубанский водздравотдел. Были заложены первые здравпункты на пристанях Дона, Северского Донца, Кубани и портах Азовского моря. В этот же период Донская военная флотилия передала водздравотделу помещение лазарета по переулку Среднему (ныне – проспект Соколова), дом №9 в г. Ростове-на-Дону. Здесь 23 августа 1923 года была открыта первая больница водников на 30 коек с амбулаторией, а также амбулатория в Нахичевани, врачебно-санитарный пункт в Ростовском порту, фельдшерские медпункты на судоремонтных заводах «Красный Дон», «Красный флот», «Красный маяк». В штате больницы было 16 должностей. В то время медицинская помощь оказывалась 5220 работникам водного транспорта, а с членами семей – 14850. В 20-30 годы закладывалась и развивалась сеть линейных учреждений в Азове, Калаче-на-Дону, Константиновске, Цимлянске, Таганроге, Керчи, Краснодаре, Павловске.
30 сентября 1936 года была открыта вновь построенная поликлиника водников по улице 1-я линия 6, которая функционирует до настоящего времени. К 1941 году Азово-Доно-Кубанский водздравотдел уже располагал разветвленной сетью линейных лечебно-профилактических и санитарно-противоэпидемиологических учреждений из 4 стационаров на 220 коек, 7 поликлиник, 6 амбулаторий, 4 детских яслей, 1 детского соматического санатория, большим числом здравпунктов на предприятиях водного транспорта, комнат матери и ребенка в портах и на предприятиях. Складывалась система и формы работы здравоохранения на водном транспорте – формировалась цеховая служба, приоритетное внимание уделялось плавсоставу, начинал внедряться диспансерный метод работы, расширялась сеть специализированных кабинетов и отделений. В годы Великой Отечественной войны многие медработники – водники ушли на фронт в действующую армию. После освобождения от фашистских захватчиков портов и пристаней нашего бассейна, медицинские работники при поддержке и содействии хозяйственных и общественных организаций водного транспорта, горячо принялись за восстановление разрушенных лечебных учреждений.
В конце 40 – начале 50 годов все силы руководства водздравотдела были направлены на восстановление лечебных учреждений и укрепление кадрового состава медицинских работников. В эти годы в связи с развитием пассажирского флота на теплоходах вводятся должности судовых врачей. В 1952 году после окончания строительства Волго-Донского судоходного канала контингент обслуживаемого населения значительно расширился за счет работников канала, их семей, а также плавсостава судов, проходящих по каналу, что потребовало ввода в строй 3 больниц, 5 амбулаторий и 5 детских яслей. Функционирование канала повлекло строительство нового Усть-Донецкого речного порта и одной из ведущих в бассейне линейной больницы на 100 коек, которая в дальнейшем была расширена до 200 коек. Таким образом, сеть медицинских учреждений нашего водздравотдела в 50-е годы значительно увеличилась и насчитывала 13 объединенных больниц (с количеством коек- 935 и 1382000 посещений в поликлиниках); 2 самостоятельные поликлиники; самостоятельных амбулаторий; 33 фельдшерских пунктов здравоохранения; 167 судовых медпунктов (на пассажирских судах), 9 комнат матери и ребенка; 16 детских яслей; соматический детский санаторий на 150 коек; противотуберкулезный санаторий III категории; 7 санитарно-эпидемиологических станций. Соответственно росту сети здравоохранения, значительно увеличились и штатные должности: их стало 3087, в том числе врачебных – 556 против соответственно 86 и 14 в 1923 году.
В 60-70 годы вместе с ростом на берегу Цимлянского водохранилища нового города Волгодонска была построена еще одна линейная больница водников, поликлиника и санэпидстанция. Развитие сети линейных учреждений бассейна вызвало необходимость появления новых организационных форм работы, расширения консультативной помощи линейным учреждениям, повышения квалификации кадров, оперативности обработки статистической информации. С этой целью в 1962 году в Бассейновой больнице открывается организационно-методический кабинет, что позволяет больнице стать организационно-методическим, консультативным центром здравоохранения бассейна. Заведующие отделениями и кабинетами становятся главными специалистами бассейна, создаются Бассейновый Медицинский Совет и Совет средних медицинских работников. Бассейновая больница ежегодно консультировала и госпитализировала до 1000 больных из линейных лечебных учреждений, но при этом продолжала ютиться в тесном, устаревшем помещении, полученном в 1923 году, её мощность в 160 коек уже не удовлетворяла возросшим потребностям работников водного транспорта бассейна. Назрела острая необходимость реорганизации системы здравоохранения на водном транспорте, которая и началась в 1973 году. В этом же году был упразднен Азово-Волго-Донской водздравотдел, а его функции переданы организованной на базе Ростовской бассейновой больницы Центральной Бассейновой больнице (ЦББ) Азово-Волго-Донского водного бассейна Минздрава РСФСР, которой были подчинены все 35 учреждений здравоохранения водного бассейна, расположенные в 4-х областях России.
В 70-80 годы вводятся в эксплуатацию Бассейновая стоматологическая поликлиника, детский санаторий «Миус» на 100 мест, поликлиники в Таганроге и Азове, активно ведется реконструкция ряда других больниц, амбулаторий, санэпидстанций и детских яслей. В 1980 году было начато строительство стационарного комплекса центральной бассейновой больницы.
В 90 годы деятельность ЛПУ Азово-Волго-Донского водного бассейна была направлена на сохранение уровня и объема оказания медицинской помощи обслуживаемым контингентам.
В 2002 году приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации путем слияния учреждений здравоохранения Азово-Волго-Донского и Нижне-Волжского водных бассейнов создается "Южный окружной медицинский центр". В 2008 году Центр передан в ведение Федерального медико-биологического агентства (ФМБА России). В настоящее время Южный окружной медицинский центр ФМБА России является динамично развивающимся высокотехнологичным комплексом лечебно-профилактических учреждений, в котором работают высококвалифицированные специалисты.
Одним из первых в России Центр удостоен звания лауреата Премии Правительства Российской Федерации в области качества, а в 2004 году первым среди медицинских учреждений страны внедрил в свою работу систему менеджмента качества, что позволяет руководству гарантировать оказание населению медицинской помощи в соответствии с установленными критериями и показателями качества. Это свидетельствует о высоком качестве и международном уровне работы Южного окружного медицинского Центра ФМБА России.